Une des différences majeures entre le régime des retraites du secteur privé et celui du secteur public est le mode de calcul des pensions. Dans le secteur privé, le calcul se fait sur les 25 meilleures années de salaire pour la retraite du régime général contre les 6 derniers mois dans le public.

Cependant, dans le régime privé, ce calcul comprend l'intégralité du salaire, y compris les primes, à la différence du public où le régime indemnitaire n'est pas pris en compte.

La rémunération des fonctionnaires se compose en effet d'une rémunération principale (appelée traitement indiciaire) à laquelle s'ajoutent des primes.

Les primes peuvent être attribuées selon :

• le grade : indemnité d'administration et de technicité, indemnité d'exercice de missions des préfectures... ;
• les fonctions exercées : spécialiste informatique... ;
• les situations spécifiques : travail de nuit, heures supplémentaires...

Depuis la réforme des retraites de 2003, cette différence entre les régimes public et privé a été partiellement réduite. En effet, depuis 2005 un nouveau régime obligatoire par points a été institué sur les primes pour les fonctionnaires des 3 fonctions publiques. Ce dernier permet aux fonctionnaires d'acquérir une retraite en cotisant sur leurs primes et indemnités dans la limite de 20 % de leur traitement indiciaire. Il s'agit du régime additionnel à la Fonction publique sur les primes (RAFP), qui vient en complément du régime des pensions.

Ce nouveau régime produira ses effets progressivement, les premières cotisations ayant été versées qu'à compter de 2005. Pour autant, les agents ayant un taux de primes élevé disposeront de fait d'un taux de remplacement plus faible que leurs homologues du privé. C'est le cas, par exemple, des cadres pour qui les primes peuvent représenter 40 à 50 % de leur traitement.