Modalités d’indemnisation des agents en cas de congés de longue maladie et de grave maladie dans la fonction publique de l’État

Le décret du 27 juin 2024 est applicable aux fonctionnaires de l’État, qu’ils soient 
titulaires¹ ou stagiaires², aux magistrats de l’ordre judiciaire, aux magistrats administratifs et financiers et aux agents contractuels relevant du décret du 17 janvier 1986 susvisé. 

La présente FAQ s’applique ainsi aux ministères et aux établissements publics de l’État, ainsi qu’aux autorités administratives indépendantes et aux groupements d’intérêt public, pour leurs agents qui ont la qualité de fonctionnaire ou qui relèvent du décret du 17 janvier 1986 susvisé. 

Le dispositif est également applicable aux établissements publics locaux d'enseignement, aux établissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel et aux établissements publics à caractère scientifique et technique. 

Elle précise également les modalités spécifiques de maintien des primes et indemnités pour les personnels de l'État et des établissements publics de l'État à caractère administratif en service à l'étranger.

_{[1] Relevant de l’article L. 3 du code général de la fonction publique (CGFP).
[2] Les droits ouverts aux fonctionnaires stagiaires sont régis par les dispositions de l’article 24 du décret n° 94-874 du 7 octobre 1994 fixant les dispositions communes applicables aux stagiaires de l’État et de ses établissements publics.}

Le décret du 27 juin 2024 crée un nouveau régime de maintien de rémunération en cas de CLM et de CGM, pour les fonctionnaires de l’État, les magistrats judiciaires et des juridictions administratives et financières ainsi que les contractuels de la fonction publique de l’État .

Le traitement, les primes et indemnités sont maintenus selon les modalités présentées dans le tableau ci-dessous :

• 1^ère année du CLM / CGM :  Maintien du traitement indiciaire  A hauteur de 100 %⁴  Maintien des primes et indemnités   A hauteur de 33 %⁵ 
• 2ème année du CLM / CGM :  Maintien du traitement indiciaire  A hauteur de 60 %⁶  Maintien des primes et indemnités   A hauteur de 60 %⁵
• 3^ème année du CLM / CGM : Maintien du traitement indiciaire   A hauteur de 60 %⁶ Maintien des primes et indemnités   A hauteur de 60 %⁵
   

 _{[3] Régis par le décret n° 86-83 du 17 janvier 1986 relatif aux dispositions générales applicables aux agents contractuels de l’État.
[4] Article L. 822-8 du CGFP pour le CLM et article 13 du décret n° 86-83 du 17 janvier 1986 modifié relatif aux dispositions générales applicables aux agents contractuels de l'État pour le CGM.
[5] Article 2-1 du décret n° 2010-997 du 26 août 2010 modifié relatif au régime de maintien des primes et indemnités des agents publics de l’État et des magistrats de l'ordre judiciaire dans certaines situations de congés.
[6] Article 28-1 du décret n° 86-442 du 14 mars 1986 pour le CLM et article 13 du décret n° 86-83 modifié pour les agents contractuels pour le CGM.} 

D’une part, le décret du 27 juin 2024 a mis fin à la progressivité de la durée des congés de maladie avec l’ancienneté de l’agent contractuel. Ainsi, l’agent contractuel en activité peut désormais bénéficier de congés de maladie sur présentation d’un certificat médical après quatre mois de services continus, et pendant une période de douze mois consécutifs si son utilisation est continue ou au cours d'une période comprenant trois cents jours de services effectifs si son utilisation est discontinue (article 12 du décret du 17 janvier 1986 modifié).

D’autre part, et par cohérence, l’agent contractuel en activité peut désormais bénéficier d'un CGM sur présentation d’un certificat médical après quatre mois de services continus.

Pour les agents contractuels, la notion de traitement s’entend comme définie à l’article 2 du décret n° 85-1148 du 24 octobre 1985 modifié relatif à la rémunération des personnels civils et militaires de l’État, des personnels des collectivités territoriales et des personnels des établissements publics d'hospitalisation. Il s’agit donc de la part de la rémunération rattachée à un indice, quand le contrat le prévoit.        

Dans ce cas, la part de la rémunération non indicée est assimilée à des primes et indemnités pour les agents contractuels, au sens du décret n° 2010-997 du 26 août 2010.

En revanche, pour les agents contractuels dont aucune part de rémunération n’est rattachée à un indice, l’ensemble de la rémunération est assimilé à du traitement, à l’exception des éléments de rémunération liés à des résultats professionnels et collectifs tels que mentionnés au second alinéa de l’article L. 713-1 du code général de la fonction publique.

a) Maintien total du supplément familial de traitement et de l'indemnité de résidence
 

L’article L. 822-8 du code général de la fonction publique prévoit que le fonctionnaire en CLM conserve ses droits à la totalité du supplément familial de traitement et de l'indemnité de résidence.

S’agissant des contractuels, les dispositions des articles 9 et 10 du décret du 24 octobre 1985⁷  précité sont applicables. L’agent contractuel en CGM éligible à l’indemnité de résidence ou au supplément familial de traitement bénéficie du maintien intégral de ces indemnités pendant toute la durée de son CGM.

Par exemple, l’agent en deuxième année de CLM perçoit 60 % de son traitement et de ses primes et indemnités maintenues. Il perçoit également l’intégralité de son supplément familial de traitement et de son indemnité de résidence s’il est éligible à ces indemnités.

b) Disposition spécifique à la nouvelle bonification indiciaire (NBI)

En cas de CLM, la NBI est maintenue dans les mêmes proportions que le traitement tant que l'agent n'est pas remplacé dans ses fonctions. La NBI est ainsi maintenue à hauteur de 100 % la première année du congé de longue maladie et 60 % les deux années suivantes. 

 _{[7] Décret n° 85-1148 du 24 octobre 1985 modifié relatif à la rémunération des personnels civils et militaires de l’État, des personnels des collectivités territoriales et des personnels des établissements publics d'hospitalisation.}

L’article 2-1 du décret du 26 août 2010 rend applicables aux agents en situation de CLM ou de CGM, les dispositions relatives à l’assiette des primes et indemnités maintenues dans les situations de congés prévues à l’article 1^er de ce décret.
Ainsi, les dispositions prévues au 2-2 du 2 de la circulaire n° BCRF 1031314C relative à l’application du décret n° 2010-997 du 26 août 2010⁸  en ce qui concerne la typologie des primes et indemnités maintenues sont applicables au CLM et au CGM.

Exemple : S’agissant des primes liées à la manière de servir et/ou aux résultats obtenus, il appartient au chef de service d’apprécier si l’impact du CLM ou CGM sur l’atteinte des résultats, eu égard notamment à sa durée et compte-tenu de la manière de servir de l’agent, doit ou non se traduire par un ajustement l’année suivante. Il est donc possible de verser la part variable l’année suivant le placement en CLM ou CGM.
Les primes liées à la manière de servir peuvent donc être versées mais font l’objet d’un versement ponctuel distinct du maintien de rémunération.

  Par ailleurs⁹  :

•  Les primes et indemnités dont le texte institutif prévoit un versement exclusivement après un service effectif ne sont pas intégrées dans l’assiette de maintien de rémunération pour les agents placés en CLM ou en CGM ;
• Les primes de fonction dont le texte institutif prévoit qu’elles sont liées à l’affectation sur certaines fonctions, à l’exercice de certaines fonctions ou responsabilités particulières ou à la nomination dans un grade, sont quant à elles intégrées dans l’assiette de maintien de la rémunération ;
• La rémunération d’une activité accessoire, étant liée à un service effectif, n’est pas maintenue.

Exemple : un agent doit animer une formation au sein de son administration, soit en dehors de son temps de travail, soit sur la base d’une autorisation spéciale d’absence. Il est prévu de rémunérer cet agent au titre de cette activité accessoire. 
Si, à la date prévue de sa formation, il est en congé de maladie, il n’est pas rémunéré au titre de cette activité accessoire, puisqu’il ne l’a pas assurée. 
S’il a animé cette formation et qu’il est ensuite placé en congé de maladie, il a été rémunéré pour celle-ci mais cette rémunération ne rentre pas dans l’assiette de maintien de rémunération.  

Enfin, le texte institutif d’une prime peut prévoir des modalités de maintien spécifiques en cas de CLM ou CGM : 

• L’article 2 du décret n° 93-522 du 26 mars 1993¹⁰  prévoit que la nouvelle bonification indiciaire, attachée à certains emplois comportant l’exercice d’une responsabilité ou d’une technicité particulière, cesse d’être maintenue lorsque l’agent en CLM est remplacé ;
• Les heures supplémentaires annualisées des enseignants des établissements d'enseignement du second degré et des enseignants des établissements publics d'enseignement et de formation professionnelle agricole sont intégrées dans l’assiette de maintien des primes et indemnités¹¹ .
  Le maintien des heures supplémentaires annualisées en CLM et en CGM est imposable et soumis à la contribution sociale généralisée (CSG) et à la contribution pour le remboursement de la dette sociale (CRDS). 
   

_{[8] Relatif au régime de maintien des primes et indemnités des agents publics de l’État et des magistrats de l’ordre judiciaire dans certaines situations de congés.
[9] Ces précisions s’appliquent également aux agents placés dans l’une des situations de congés prévue à l’article 1er du décret du 26 août 2010.
[10] Décret n° 93-522 du 26 mars 1993 relatif aux conditions de mise en œuvre de la nouvelle bonification indiciaire dans la fonction publique de l’État.
[11]  Disposition prévue par l'article 4 du décret n° 50-1253 du 6 octobre 1950 et par l’article 3 du décret n° 71-750 du 14 septembre 1971.}

L’article 3 du décret du 27 juin 2024 crée un régime d’indemnisation spécifique pour les personnels de l'État et des établissements publics de l'État à caractère administratif en service à l'étranger en CLM.

Il modifie l’article 26 du décret du 28 mars 1967 et prévoit un maintien des primes et indemnités à hauteur de 33 % la première année du CLM et de 60 % les deux années suivantes sur les primes et indemnités perçues avant le départ à l’étranger. Ainsi, l’indemnité de résidence à l’étranger n’est pas maintenue.

En raison des modifications apportées par le décret du 27 juin 2024 en matière de maintien des primes et indemnités en CLM, des précisions ont été apportées sur les situations de transition entre congés.

Dans le cas où l’agent en congé de maladie est placé rétroactivement en CLM ou en congé de longue durée (CLD), la conservation de ces primes et indemnités est acquise jusqu’à la date de placement de l’agent en CLM ou CLD. En outre, l’agent ne peut pas cumuler ces primes et indemnités avec celles dues au titre du CLM. En cas de placement rétroactif en CLM, les heures supplémentaires annualisées maintenues au titre du CLM sont dues à compter de la date de début du CLM.

Le fonctionnaire ou magistrat placé en situation de CLD à la suite d’une période de CLM rémunérée à plein traitement conserve les primes et indemnités versées durant le CLM . À compter de la date de placement en CLD, il perçoit l’intégralité de son traitement pendant trois ans et la moitié de celui-ci pendant les deux années suivantes. Les primes et indemnités cessent en revanche d’être versées¹³.

Exemple : Un agent bénéficie d’un congé de maladie pendant une période consécutive de 4 mois à compter du 1er janvier de l’année N. A compter du 1er mai de l’année N, il est placé en CLM avec un effet rétroactif au 1er janvier de l’année N.

Il conserve les primes et indemnités qui lui ont été versées en congé de maladie jusqu’au 30 avril de l’année N. Elles ne sont en revanche pas cumulables avec celles dues au titre du CLM pour cette même période¹⁴ . 
A compter du 1er mai de l’année N, l’agent bénéficiera du versement lié au CLM soit l’intégralité du traitement et 33 % des primes et indemnités jusqu’au 31 décembre de l’année N.
Si son CLM est prolongé, il percevra 60 % du traitement et des primes et indemnités à compter du 1er janvier de l’année N+1¹⁵ .

À compter du 1^er janvier de l’année N+ 1, s’il est placé en CLD avec un effet rétroactif au 1er janvier de l’année N, il ne perçoit plus de primes à compter du 1^er janvier de l’année N+1 mais conserve le bénéfice des primes perçues au titre congé de maladie puis du CLM.

Ces dispositions ne s’appliquent pas aux contractuels, qui ne peuvent faire l’objet d’un placement rétroactif en CGM.

_{[12]  II de l’article 2 du décret du 26 août 2010 modifié.
[13] Sauf celles dont le maintien en CLD est explicitement prévu par les textes : par exemple : indemnité de résidence et supplément familial de traitement (cf. article L. 822-15 du CGFP).
[14] Par dérogation, les HSA prévues au titre de l’article 2 du décret n° 50-1253 du 6 octobre 1950 et de l’article 2 du décret n° 71-750 du 14 septembre 1971 dues au titre du CLM sont versées de manière rétroactive.
[15] Conformément aux articles L. 822-8 du CGFP et 28-1 du décret n° 2024-641 du 27 juin 2024 relatif au régime de certains congés pour raison de santé des fonctionnaires et des agents contractuels de l’État.}

À l’expiration des droits statutaires à congé pour raison de santé (congé de maladie, CLM, CLD), le conseil médical se réunit afin de déterminer si le fonctionnaire est apte, ou non, à reprendre ses fonctions, à bénéficier d’un reclassement, à être mis en disponibilité ou à être admis à la retraite.

Le décret du 27 juin 2024 précise désormais que, dans l’attente de cette réunion, le fonctionnaire est placé, à titre provisoire, dans la position de disponibilité pour raison de santé (DRS) prévue par l’article 48 du décret du 14 mars 1986.

Pendant cette période, tant que la décision administrative de reprise de service, de reclassement, de mise en disponibilité ou d’admission à la retraite n’est pas rendue, le fonctionnaire perçoit une indemnité égale au montant du traitement qu’il percevait à l’expiration de son congé pour raison de santé ainsi, le cas échéant, des primes et indemnités perçues à ce même moment. 
À noter que lorsque l’instruction de son dossier par le conseil médical nécessite l’expertise d’un médecin agréé, le fonctionnaire doit se soumettre à cet examen, sous peine d’interruption du versement de cette indemnité.
À l’issue de la procédure requérant l’avis du conseil médical, différentes situations sont possibles : 

• Le fonctionnaire est placé en disponibilité pour raison de santé : l’indemnité précitée lui reste acquise ; 
• Le fonctionnaire reprend son service ou est reclassé ou est admis à la retraite : la part de l’indemnité précitée excédant le montant de sa rémunération ou de sa pension lui reste acquise.

Le montant de l’indemnité inférieur ou égal à la rémunération ou à la pension est récupéré par l’employeur, autrement dit les montants ne se cumulent pas entre eux. La part de cette indemnité excédant le montant de la rémunération ou de la pension du fonctionnaire reste donc acquise à l'agent. 

Exemple 1 : 
Un fonctionnaire bénéficie d’un congé de maladie pendant une période consécutive de douze mois (du 1^er janvier au 31 décembre N). A l’issue de son congé, le conseil médical est saisi afin de déterminer s’il peut reprendre son service. Dans l’attente de l’avis du conseil médical, le fonctionnaire est placé, à titre provisoire, en disponibilité pour raison de santé à titre provisoire.
Pendant l’instruction requérant l’avis du conseil médical, il perçoit, à compter du 1^er janvier N+1 une indemnité d’un montant de 1 500 euros (correspondant à ce qu’il percevait à l’expiration de son congé de maladie, soit la moitié d’un plein traitement de 3 000 euros incluant les primes et indemnités maintenues). 
Le 3 avril N+1, le conseil médical rend un avis favorable à la reprise de service. 
Le 15 avril N+1, l’administration prend une décision de reprise de service rétroactive à compter du 1er janvier N+1. L’indemnité d’attente cesse d’être versée.
L’administration lui versera sur cette période la part correspondant à son plein traitement, déduction faite de l’indemnité déjà perçue :
• Rémunération due pour la période du 1janvier au 15 avril N+1 : 10 500 euros
• Indemnité perçue pendant la période du 1er janvier au 15 avril N+1 : 5 250 euros
• Régularisation à opérer : 10 500 – 5 250 ⇒ versement de 5 250 euros  

Exemple 2 :
Un fonctionnaire bénéficie d’un CLM pendant une période de trois ans (du 1^er janvier N au 31 décembre N+2). A l’issue de son congé, le conseil médical est saisi afin de déterminer s’il peut reprendre son service ou non. Dans l’attente de l’avis du conseil médical, le fonctionnaire est placé en disponibilité pour raison de santé à titre provisoire.
Pendant l’instruction requérant l’avis du conseil médical, il perçoit une indemnité d’un montant de 1 800 euros (correspondant à ce qu’il percevait à l’expiration de son CLM, soit 60 % d’une rémunération de 3 000 euros incluant le traitement d’une part et les primes et indemnités maintenues d’autre part).
Le 6 mars N+3, le conseil médical rend un avis d’inaptitude définitive.
Le 1^er avril N+3, l’administration prend une décision rétroactive de radiation des cadres avec admission à la retraite à compter du 1er janvier N+3. 
L’organisme de retraite verse une pension de retraite de 1 700 euros : 
•    Pension versée pour la période du 1^er janvier au 31 mars : 5 100 euros
• Indemnité perçue pendant la période du 1er janvier au 31 mars : 5 400 euros
• Les 300 euros d’indemnité excédant le revenu de pension restent acquis au fonctionnaire.
• La somme de 5 100 euros correspondant au montant de la pension est récupérée par l’employeur.

Les modalités d’indemnisation en cas de CLM et de CGM précisées par la présente foire aux questions sont applicables depuis le 1^er septembre 2024  dans le respect des dispositions suivantes. 
Elles sont applicables pour la rémunération due à compter du 1^er septembre 2024¹⁶ aux fonctionnaires :

•  en CLM à cette date ;
•  placés en CLM à compter de cette date.

Elles sont applicables pour la rémunération due à compter du 1er septembre 2024 aux agents contractuels :

•  en congé de maladie et en CGM à cette date
•  placés en congé de maladie et en CGM à compter de cette date.

L’évolution des conditions de maintien de la rémunération en cours de CLM ou de CGM n’a pas d’incidence sur le décompte des droits à congé.

Exemple :
Un agent placé en congé de longue maladie le 8 juin 2024 se voit appliquer les nouvelles modalités de maintien de rémunération prévues par le décret du 27 juin 2024 à compter de la rémunération versée à partir du 1^er septembre 2024. Ce changement d’indemnisation n’impacte pas ses droits au congé de maladie ni la durée de celui-ci qui restent décomptés à partir du 8 juin 2024.
 

_{[16]  Article 7 du décret le décret n° 2024-641 du 27 juin 2024 relatif au régime de certains congés pour raison de santé des fonctionnaires et des agents contractuels de l’État.}