Le complément indemnitaire est facultatif à plusieurs titres.

Tout d‘abord, certains employeurs peuvent décider, pour un corps donné, de ne pas mettre en œuvre ce complément indemnitaire. Dès lors, aucun agent relevant du corps en question ne le percevra.

Ensuite, il est attribué afin de tenir compte de l’engagement professionnel et de la manière de servir de l’agent. Une insuffisance professionnelle peut donc justifier qu’il ne soit pas versé.

Enfin, le complément indemnitaire est par nature exceptionnel, comme les actuels « bonus » ou « reliquats de fin de gestion ». Son versement  n’est donc pas automatique.