Le RIFSEEP est soumis aux mêmes cotisations que les autres primes et indemnités (cotisations sociales et cotisations retraite).

De plus, comme il s’agit d’une partie de la rémunération de l’agent, il sera pris en compte pour le calcul de l’impôt sur le revenu, comme c’est déjà le cas pour les primes et indemnités qu’il remplace.